J. Bingham et al.

Estimates of prevalence of anti-SARS-CoV-2 antibodies among blood donors in South Africa in March 2022

Research Square, May 2022; doi.org/10.21203/rs.3.rs-1687679/v2

Abstract

In line with previous instalments of analysis from this ongoing study to monitor ‘Covid Seroprevalence’ among blood donors in South Africa, we report on an analysis of 3395 samples obtained in mid-March 2022 from all provinces of South Africa – a timepoint just after the fourth (primarily omicron) wave of infections. As in our previous analyses, we see no evidence of age and sex dependence of prevalence, but significant variation by race. Differences between provinces have largely disappeared, as prevalence appears to have saturated. In contrast to previous estimates from this study, which reported only prevalence of anti-nucleocapsid antibodies, this present work also reports results from testing for anti-spike antibodies. This addition allows us to categorise those donors whose only antibodies are from vaccination. Our race-weighted national extrapolation is that 98% of South Africans have some antibodies, noting that 10% have anti-spike antibodies but not anti-nucleocapsid antibodies - a reasonable proxy for having both 1) been vaccinated and 2) avoided infection.

J.S. Gans et al.

False-Positive Results in Rapid Antigen Tests for SARS-CoV-2

Jama, January 2022 ;doi:10.1001/jama.2021.24355

Abstract

Concerns have been raised whether rapid antigen tests for SARS-CoV-2 can result in false-positive test resultsand undermine pandemic management for COVID-19. This study investigated the incidence of false-positive results in a large sample of rapid antigen tests used to serially screen asymptomatic workers throughout Canada.

Methods

Rapid antigen tests for SARS-CoV-2 were implemented as an extra layer of protection to control transmission in workplaces throughout Canada by the Creative Destruction Lab Rapid Screening Consortium (CDL RSC). Asymptomatic employees were screened twice weekly. Workplace participation was voluntary. From January 11 to October 13, 2021, tests were conducted by employees, with some workplaces providing at-home screening and others on-site screening programs. Over this period, Canada experienced 2 significant Delta variant–driven waves from March to June and August to October. Screening results were recorded, including a deidentified record identifier, the place of employment, the test, and (optionally) the lot number. If a test result was positive, the patient was immediately referred for a confirmatory polymerase chain reaction (PCR) test to be completed within 24 hours. Initial data validation was completed at the point of collection. All data collected before June 26 and presumptive positive screen results and PCR test results reported before September 15 were externally verified through an audit process by participant organizations. False-positive results were matched to lot number and test manufacturer. A false-positive result was defined as a positive screen on a rapid antigen test and a subsequent negative confirmatory PCR.

The data from the CDL RSC were collected to inform the operational requirements of deploying rapid antigen screens in workplaces. All participants provided written consent to participate in the screening program and to share their deidentified data with the CDL RSC, including for publication, and with public health authorities. This study was approved by the University of Toronto Research Ethics Board.

Results

There were 903 408 rapid antigen tests conducted for 537 workplaces, with 1322 positive results (0.15%), of which 1103 had PCR information. Approximately two-thirds of screens were trackable with a lot number. The number of false-positive results was 462 (0.05% of screens and 42% of positive test results with PCR information). Of these, 278 false-positive results (60%) occurred in 2 workplaces 675 km apart run by different companies between September 25 and October 8, 2021. All of the false-positive test results from these 2 workplaces were drawn from a single batch of Abbott’s Panbio COVID-19 Ag Rapid Test Device.

Discussion

The overall rate of false-positive results among the total rapid antigen test screens for SARS-CoV-2 was very low, consistent with other, smaller studies.The cluster of false-positive results from 1 batch was likely the result of manufacturing issues rather than implementation. These results inform the discussion of whether rapid antigen tests will result in too many false-positives that could overwhelm PCR testing capacity in other settings.Also, the results demonstrate the importance of having a comprehensive data system to quickly identify potential issues. With the ability to identify batch issues within 24 hours, workers could return to work, problematic test batches could be discarded, and the public health authorities and manufacturer could be informed. Aside from issues with the batch, false-positives are possible due to the timing of the test (ie, too early or too late in the infectious stage) or quality issues in how the self-test was completed.

V.T. Chu et al.

Comparison of Home Antigen Testing With RT-PCR and Viral Culture During the Course of SARS-CoV-2 Infection

JamaInternalMedicine, April 2022 ; doi:10.1001/jamainternmed.2022.1827

Abstract

Importance  As self-collected home antigen tests become widely available, a better understanding of their performance during the course of SARS-CoV-2 infection is needed.

Objective  To evaluate the diagnostic performance of home antigen tests compared with reverse transcription–polymerase chain reaction (RT-PCR) and viral culture by days from illness onset, as well as user acceptability.

Design, Setting, and Participants  This prospective cohort study was conducted from January to May 2021 in San Diego County, California, and metropolitan Denver, Colorado. The convenience sample included adults and children with RT-PCR–confirmed infection who used self-collected home antigen tests for 15 days and underwent at least 1 nasopharyngeal swab for RT-PCR, viral culture, and sequencing.

Exposures  SARS-CoV-2 infection.

Main Outcomes and Measures  The primary outcome was the daily sensitivity of home antigen tests to detect RT-PCR–confirmed cases. Secondary outcomes included the daily percentage of antigen test, RT-PCR, and viral culture results that were positive, and antigen test sensitivity compared with same-day RT-PCR and cultures. Antigen test use errors and acceptability were assessed for a subset of participants.

Results  This study enrolled 225 persons with RT-PCR–confirmed infection (median [range] age, 29 [1-83] years; 117 female participants [52%]; 10 [4%] Asian, 6 [3%] Black or African American, 50 [22%] Hispanic or Latino, 3 [1%] Native Hawaiian or Other Pacific Islander, 145 [64%] White, and 11 [5%] multiracial individuals) who completed 3044 antigen tests and 642 nasopharyngeal swabs. Antigen test sensitivity was 50% (95% CI, 45%-55%) during the infectious period, 64% (95% CI, 56%-70%) compared with same-day RT-PCR, and 84% (95% CI, 75%-90%) compared with same-day cultures. Antigen test sensitivity peaked 4 days after illness onset at 77% (95% CI, 69%-83%). Antigen test sensitivity improved with a second antigen test 1 to 2 days later, particularly early in the infection. Six days after illness onset, antigen test result positivity was 61% (95% CI, 53%-68%). Almost all (216 [96%]) surveyed individuals reported that they would be more likely to get tested for SARS-CoV-2 infection if home antigen tests were available over the counter.

Conclusions and Relevance  The results of this cohort study of home antigen tests suggest that sensitivity for SARS-CoV-2 was moderate compared with RT-PCR and high compared with viral culture. The results also suggest that symptomatic individuals with an initial negative home antigen test result for SARS-CoV-2 infection should test again 1 to 2 days later because test sensitivity peaked several days after illness onset and improved with repeated testing.

Lai J et al.

Comparison of Saliva and Midturbinate Swabs for Detection of SARS-CoV-2

Microbiol Spectr. , https://journals.asm.org/doi/epub/10.1128/spectrum.00128-22

CONTENUTO E COMMENTO : Studio che compara il potere diagnostico del tampone molecolare su campioni di saliva con tampone molecolare su campione dei turbinati medi. Sono stati raccolti autonomamente dai partecipanti campioni appaiati di saliva e dei turbinati medi (200 campioni appaiati). Il tasso di detection virale è risultato simile per entrambi, con elevato agreement. E’ stato tuttavia osservato che nella fase prodromica/sintomatica precoce (giorni da -3 a 2 rispetto allo sviluppo di sintomi) il campione salivare ha una capacità nettamente superiore di detection del virus e di riscontrare un numero più elevato di copie di RNA. Da questo studio sembrerebbe emergere un’ottima capacità diagnostica del tampone molecolare salivare che potrebbe rappresentare una valida alternativa, meno invasiva rispetto al tampone nasofaringeo, per lo screening di massa. La sua capacità diagnostica specialmente nelle fasi inizialissime dell’infezione virale, tenuto conto del rapidissimo tempo di incubazione delle nuove varianti virali, potrebbe fare del tampone salivare un prezioso strumento per la diagnosi precoce.

Infantino M. et al.

The role of neutralizing antibodies by sVNT after two doses of BNT162b2 mRNA vaccine in a cohort of Italian healthcare workers

CCLM, https://www.degruyter.com/document/doi/10.1515/cclm-2022-0170/html?lang=en

CONTENUTO E COMMENTO : : Studio in vitro condotto con lo scopo di valutare la cinetica delle IgG contro la proteina spike S1 del Sars-Cov2 e gli anticorpi neutralizzanti in una popolazione di healthcare workers, a sei mesi dalla seconda dose di vaccino a mRNA BNT162b2. Sono stati arruolati 57 operatori sanitari (66% di sesso femminile), senza storia clinica pregressa di COVID-19, di cui sono stati valutate le IgG anti S1 a un mese, tre mesi e sei mesi dopo la seconda dose. Contestualmente sono stati condotti virus neutralization test per la determinazione degli anticorpi neutralizzanti. I risultati riscontrati hanno mostrato un netto decremento della mediana del valore di anti-S1 IgG dal T1 (1.452 BAU/mL) al T6 (104 BAU/mL), e in maniera analoga si è assistito ad una riduzione, seppur molto minore in percentuale, degli anrticorpi neutralizzanti, passando da un 98.6% al T1 contro un 64.8% al T6. Proprio tale riscontro porta ad affermare gli autori dello studio che il dosaggio delle sole IgG anti-spike non offre una valutazione esaustiva dell’efficacia vaccinale, con la necessità di un dosaggio degli anticorpi neutralizzanti. Come evidenziato infatti elevati livelli di anti-S1 si correlano sempre ad alti livelli di anticorpi neutralizzanti, ma livelli medio-bassi di IgG anti-S1 possono correlarsi a livelli variabili di anticorpi neutralizzanti. Sicuramente una limitazione dello studio è legata alla scarsa numerosità del campione e alla non inclusione di pazienti con storia di pregresso COVID-19.

Torres M.D.T. et al.

Detection of SARS-CoV-2 with RAPID: a prospective cohort study

Pre-proof (iScience)

https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S258900422200325X?token=89D15D96341E8B04103A57B75117FB8A7FAB3C4FFB3103CFD0A7638306CA7EBD6E3FE22E59F19139D27490FDBC61463B&originRegion=eu-west-1&originCreation=20220315141700

CONTENUTO E COMMENTO : Studio prospettico che mira a valutare le performance diagnostiche di uno strumento chiamato RAPID (Real-time

Accurate Portable Impedimetric Detection prototype 1.0) che sfrutta il principio della spettroscopia di impedenza elettrochimica : RAPID è un biosensore elettrochimico che si attiva quando la proteina spike del virus SARS-CoV-2 si lega ad un elettrodo funzionalizzato con il recettore ACE2 umano. Sono stati analazzati con questo strumento 321 campioni ottenuti tamponando le fosse nasali anteriori, ottenendo una sensibilità dell’80.6%, una specificità dell’89.0% e un’accuratezza dell’88.2%. Tale metodica è estremamente economica (circa 7-10 volte meno costosa del gold standard diagnostico RT-PCR) e rapida (circa 4 minuti contro una media di 45 minuti per la RT-PCR), oltre che « point-of-care ».

Tale metodica che, a giudicare dai risultati di tale studio, sembra essere anche piuttosto accurata, potrebbe essere non solo un valido strumento da impiegare su larga scala per la rilevazione del virus SARS-CoV-2 ma potrebbe essere anche utilizzato, modificando la funzionalità degli elettrodi, per la diagnostica di altre infezioni virali, batteriche e fungine.

Costantini VP et al.

 Development and Validation of an Enzyme Immunoassay for Detection and Quantification of SARS-CoV-2 Salivary IgA and IgG

J Immunol. 

https://www.jimmunol.org/content/jimmunol/early/2022/02/28/jimmunol.2100934.full.pdf?casa_token=pmvU_xScn0EAAAAA:HzJK5uQB2560xCO-65HWbn42pQd5DBOt5meQN6PR1pzHAZn-6GOK__wT7NOMC_5YAplI571wp0pFlg

CONTENUTO E COMMENTO : Studio sul valore diagnostico della rilevazione delle IgA e IgG anti-SARS-CoV-2 salivare mediante test enzimatico EIA. Sono stati analizzati 187 campioni di saliva di pazienti con infezione da SARS-CoV-2 e 373 campioni di saliva raccolti in epoca pre-pandemica. La sensibilità dei test in immunofluorescenza è risultata elevata (IgA 95.5%, IgG 89.7%), così come è risultata essere elevata la specificità (IgA 99%, IgG 97%). Non è stata riscontrata cross reattività con nessuno degli altri coronavirus endemici. Le IgA e le IgG salivari sono state riscontrate precocemente nei pazienti con COVID-19 lieve, rispetto ai casi severi, mentre nei casi severi sono stati riscontrati titoli anticorpali più elevati. Il titolo delle IgA tende a ridursi più rapidamente nei casi lievi, rispetto a quelli severi, mentre il titolo delle IgG tende a mantenersi stabilmente elevato a prescindere dalla gravità della COVID-19.

La ricerca delle IgA e delle IgM su campioni di saliva può essere testata con un esame assolutamente non invasivo e potrebbe essere impiegata per screening di popolazioni e studi di trasmissione, così come per la valutazione della risposta ai vaccini, specialmente laddove la raccolta di un campione di sangue potrebbe essere difficoltosa o non fattibile.

Fragkou PC et al.

ESCMID COVID-19 guidelines: diagnostic testing for SARS-CoV-2

Clin Microbiol Infect., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8863949/pdf/main.pdf

Rosella LC et al.

Large-scale implementation of rapid antigen testing system for COVID-19 in workplaces

Sci Adv., https://www.science.org/doi/epdf/10.1126/sciadv.abm3608

CONTENUTO E COMMENTO : In questo studio condotto in Canada è stato approntato un programma di screening frequente (due volte a settimana) per l’infezione da SARS-CoV-2, mediante test antigenico rapido, sul luogo di lavoro. Degli oltre 300.000 test antigenici rapidi effettuati ne sono stati riscontrati 473 positivi (sebbene gli individui fossero asintomatici), confermati poi all’esame molecolare e 75 positivi non confermati dall’esame molecolare. Pertanto, la proporzione di falsi positivi riscontrata è stata di 1 ogni 4300 test antigenici rapidi effettuati. Ad una survey effettuata fra i lavoratori è stata riscontrata un’elevata percentuale di soddisfazione per lo screening effettuato. L’utilizzo di test antigenici dotati di buona accuratezza diagnostica come metodica di screening per i lavoratori potrebbe realmente ridurre la possibilità di sviluppo di epidemie interne ai luoghi di lavoro, generando nei lavoratori un maggior senso di sicurezza e protezione e riducendo le perdite economiche legate alle assenze prolungate e al calo della produttività.

Currie DW et al.

Relationship of SARS-CoV-2 Antigen and Reverse Transcription PCR Positivity for Viral Cultures

Emerg Infect Dis., https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/28/3/21-1747_article

CONTENUTO E COMMENTO: Studio pubblicato sulla rivista dei CDC che mira a stabilire le relazioni fra test antigenico, test molecolare e coltura virale. Sono stati raccolti nel periodo di studio 2112 coppie di campioni per esame molecolare e antigenico ; il 15.8% di queste aveva un esame molecolare positivo mentre il 12.7% una positività del test antigenico e nel 9.5% dei casi è stato isolato in coltura il virus. Dei 200 capioni dai quali è stato isolato in coltura il virus (tutti con esame molecolare positivo) il 95.5% di questi aveva un test antigenico positivo : il potere predittivo positivo del test antigenico di avere un esame coltuale positivo è risultato statisticamente superiore a quello dell’esame molecolare (71% vs 59.9%). La coltura virale è risultata inoltre positiva nel 71.5% delle coppie con antigenico e molecolare entrambi postitivi, nel 13.4% delle coppie molecolare positivo/antigenico negativo e in nessuna delle due coppie con molecolare positivo e antigenico negativo. Gli autori dello studio concludono quindi che il test antigenico sembrerebbere essere un proxy di infettività più adeguato rispetto all’esame molecolare. Tale studio rappresenta un ulteriore supporto alla teoria secondo cui il test antigenico sarebbe più utile del test molecolare per stabilire l’infettività di un paziente e per decretarne pertanto la fine dell’isolamento; tuttavia, anche se più raramente, il virus potrebbe essere capace di riprodursi anche in presenza di un test antigenico negativo, evenienza che supporterebbe l’esecuzione di un test molecolare in pazienti sintomatici da poche ore o asintomatici con un recentissimo contatto stretto che hanno un test antigenico negativo.  

Osterman A et al.

Impaired detection of omicron by SARS-CoV-2 rapid antigen tests

Med Microbiol Immunol. ,

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8858605/pdf/430_2022_Article_730.pdf

CONTENUTO E COMMENTO : In questo studio viene valutato il potere diagnostico del test antigenico rapido, in particolare nei confronti della variante Omicron. Sono stati valutati da ottobre 2021 a gennaio 2022, con 9 differenti test antigenici, 115 campioni respiratori risultati negativi all’esame molecolare e 166 campioni respiratori risultati positivi (101 Omicron, 65 Delta); sono stati inoltre correlati agli esami colturali del virus. Affinchè risultassero positivi questi test rapidi sono stati necessarie cariche virali molto più elevate per la variante Omicron che per quella Delta (10 volte maggiore per raggiungere un limite di detettabilità del 50%, 101 volte maggiore per un limite di dettabilità del 95%). Per le più alte cariche virali di Omicron (Ct<25) la positività del test antigenico variava fra il 31.4% e il 77.8% ; mentre con 25<Ct<30 il test antigenico risultata positvo nello 0%-8.3% dei casi.

Dai dati presentati nello studio la sensibilità del test antigenico rapido, per quanto riguarda la variante Omicron possiede una scarsa sensibilità diagnostica, che per basse concentrazioni virali rende il test diagnostico estremamente poco utile.

Parmar H. et al.

RT-PCR negative COVID-19

BMC Infect Dis., https://bmcinfectdis.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12879-022-07095-x.pdf

CONTENUTO E COMMENTO : Studio condotto tra aprile e ottobre 2020, quando ancora la sieroprevalenza per SARS-CoV-2 era ancora globalmente modesta, per valutare l’utilità della sierologia per SARS-CoV-2 in pazienti con segni e/o sintomi compatibili con COVID-19 ma tampone nasofaringeo molecolare ripetutamente negativo. Durante il periodo di studio sono stati arruolati pazienti con segni e/o sintomi di COVID-19 e RT-PCR ripetutamente negativa (“probabili”, n=20), pazienti con segni e/o sintomi compatibili con COVID-19 ma con una potenziale diagnosi alternativa (“sospetti”, n=15), pazienti senza segni e/o sintomi compatibili con COVID-19 (“non sospetti”), pazienti con COVID-19 confermato alla RT-PCR (“confermati”, n=40) e campioni pre-pandemia (n=55). Dallo studio emerge che i “probabili” , rispetto ai “certi”, hanno sviluppato un simile tasso di sieropositività e simili livelli di IgG e IgM(60.0% vs 80.0% per le IgG, p-value = 0.13; 50.0% vs 72.5% per le IgM, p-value = 0.10), mentre hanno sviluppato un tasso di sieropositività nettamente superiore rispetto ai sospetti e ai non sospetti (60.0% vs 13.3% e 11.6% per le IgG; 50.0% vs 0% e 4.7% per le IgM; p-values < 0.01). Inoltre, è da sottolinere come solo la metà dei « probabili » ha ricevutouna terapia specifica per COVID-19, a parità di severità della malattia.

I risultati di questo studio, malgrado la ridotta numerosità campionaria, sottolineano come siaprincipalmente il datoclinico a doverguidare l’eventuale inizio di un trattamento specifico, nel corso dellapandemia da SARS-CoV-2, specialmente in assenza di una probabile diagnosi alternativa. Il rischio di impostare un trattamento specifico solo in base al risultato dell’esame molecolare per SARS-CoV-2 è infatti quello, in diversi casi, di perdere tempo e di far quindi progredire la malattia verso gli stadi più avanzati.

Ren A. et al.

Ultrasensitive assay for saliva-based SARS-CoV-2 antigen detection

Clin ChemLab Med., https://www.degruyter.com/document/doi/10.1515/cclm-2021-1142/html

CONTENUTO E COMMENTO : In questo studio vienevalutato il poterediagnostico di un nuovo test salivare di tipo antigenico ultrasensibile : si tratta di un test in elettrochemiluminescenza che è stato inizialmente studiato su 105 campioni di saliva di individui con infezione o meno da virus SARS-CoV-2 ; i risultati sono poi stati verificati in una coorte indipendente di 689 pazienti (il 3.8% dei quali affetti da infezione da SARS-CoV-2) e infine tale test antigenico salivare è stato confrontato con un test antigenico nasofaringeo. Sia nella prima che nella seconda coorte è risultata una specificità del test antigenico salivare pari al 100% e una sensibilità del 92% ;rispetto al test antigenico nasofaringeo, tale test antigenico salivare sembrerebbe inoltre avere una sensibilità 700 volte maggiore.

Tale test coniugherebbeunaelevatasensibilità (paragonabile a quella di un test molecolare), con la rapiditàe la facilità di esecuzione, i costicontenuti, la scarsa se non assenteinvasività, la possibilità di effettuarlosenzanecessità di particolarireagenti o di un particolareaddestramento del personale, caratteristichechelorendono un test estremamenteattraente per le campagne di screening di massa.

Liu X. et al


Rapid and Specific Detection of Active SARS-CoV-2 With CRISPR/Cas12a

Front Microbiol. ,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8832066/pdf/fmicb-12-820698.pdf

CONTENUTO E COMMENTO : In questo studio vieneanalizzato un metodo per la rilevazionedell’RNAsubgenomico. Esso vieneprodottosolamentequando il virus è in attivareplicazione e trascrizione e pertantorappresenterebbe un indice di infettività del virus. Il metodo CRISPR/Cas12a permetterebbe di identificare l’RNA subgenomico in soli 35 minuti. Tale test è statoquindiapplicato a 30 campioniclinicipotenzialmentecontenenti virus SARS-CoV-2 : di questi 30, in 21 è statoriscontrato l’RNA subgenomicoutilizzando il metodoCRISPR/Cas12a, mentrein 27 è statoriscontrato l’RNA genomicoutilizzando un test RT-PCR quantitativo. Sebbene l’attuale gold standard diagnosticosiarappresentatodai test cherilevano l’RNA genomico, questi non sono in grado di distinguere fra virus attivo e non. I test in RT-PCR hannoinoltrebisogno di lunghi tempi tecnici, di personale formato e di specialiattrezzature. Il metodo CRISPR/Cas12a presentato in questo studio permetterebbequindi non solo di distinguere con elevataaccuratezza il virus attivo/replicante da quelloinattivo e persistente, ma anche di ottenere la risposta in tempi estremamenterapidi.

Huzly D et al.

Accuracy and real life performance of a novel interferon-γ release assay for the detection of SARS-CoV-2 specific T cell response

J Clin Virol. 

https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S1386653222000348?token=B9685E3C7F3AB85DBCF108B7F42990F3B12DA87E12390322743864BA5D9E08204A730B8F5754B5DD8C25BFA90E43A7C4&originRegion=eu-west-1&originCreation=20220211130922

CONTENUTO E COMMENTO: In questo lavoro viene studiata l’accuratezza diagnostica di un nuovo test basato sul rilascio di interferon-gamma (test IGRA) per la valutazione della risposta immunitaria cellulo-mediata nei confronti del virus SARS-CoV-2. Sono stati arruolati 162 operatori sanitari con o senza storia di infezione da SARS-CoV-2 ; è stata inoltre analizzata la risposta cellulo-mediata in risposta alla vaccinazione omologa o eterologa per SARS-CoV-2 e la risposta cellulare in pazienti che ricevono terapia immunosoppressive o immunomodulanti. Gli autori riportano una specificità del test del 100% e una sensibilità del 72.2% nel determinare una pregressa infezione da più di 5 mesi e una sensibilità del 93.8% per una pregressa infezione da meno di 5 mesi. Sono state riscontrate differenze quantitative fra la prima e la seconda dose di vaccino ed è stata spesso riscontrata una risposta cellulare scarsa o assente nei pazienti immunocompromessi. La determinazione della risposta cellulare T-mediata agli antigeni di SARS-CoV-2 mediante test IGRA potrebbe essere di ausilio nel determinare in maniera più esaustiva, rispetto alla sola determinazione della risposta anticorpale, la protezione verso nuove infezioni dei soggetti con storia di infezione da SARS-CoV-2 o nei soggetti vaccinati. Dovrebbero tuttavia essere condotti ulteriori studi volti alla standardizzazione della metodica.

Yu E.D. et al

Development of a T cell-based immunodiagnostic system to effectively distinguish SARS-CoV-2 infection and COVID-19 vaccination status

Cell Host and Microbe,

https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S1931312822000890?token=8018A9052E98A369ABE27E8961D176B1E9FBC6F26F360F6BAB0206F16451916BAD57085112E730A09BB331D573A6FFD4&originRegion=eu-west-1&originCreation=20220211084745

CONTENUTO E COMMENTO : Studio in vitro svolto per sviluppare un sistema di immunodiagnostica T-cell based con il fine di distinguere uno status immunologico legato al vaccino per Sars-Cov2 dall’infezione naturale. 239 partecipanti sono stati divisi in 5 gruppi diversi: 50 non infetti e non vaccinati, 50 infetti e non vaccinati, 66 infetti e poi vaccinati, 50 non infetti e vaccinati e 23 vaccinati e poi infetti. Nei gruppi di pazienti vaccinati sono stati inclusi soggetti con due dosi di BNT162b2 o mRNA-1273. Per rilevare la Sars-CoV2 T cell reactivity è stato inizialmente utilizzato un pool di peptidi che ha coperto l’intera sequenza spike (253. Peptidi) e un pool di HLA Class II binders dal Remainder del genoma (CD4R, 221 peptidi). Al fine di ottimizzare la ricerca della reattività non-Spike sono stati creati pools di epitopi dalla sequenza non-spike di proteoma Di Sars-Cov2. In seguito alla valutazione della risposta T mediata si è ottenuta la prima dimostrazione che una semplice strategia di analisi può classificare la risposta delle cellule T in gruppi differenti di persone vaccinate e non, permettendo di discernere tra le differenti classi in base alla massiccia risposta contro la proteina spike o contro  il resto del genoma di Sars-Cov2, con una elevata accuratezza (89.2%). Ovviamente ulteriori studi focalizzati su tale argomento devono essere espletati, comprendenti una popolazione più vasta e con una maggiore eterogeneità di vaccini somministrati.

Fronza, F. et al.

A Community Study of SARS-CoV-2 Detection by RT-PCR in Saliva: A Reliable and Effective Method

Viruses, https://www.mdpi.com/1999-4915/14/2/313/pdf

CONTENUTO E COMMENTO : In questo studio viene valutato il potere diagnostico dell’esame molecolare su tampone salivare rispetto allo standard diagnostico (esame molecolare su tampone nasofaringeo). Sono stati inclusi 1003 campioni appaiati nasofaringei e salivari (questi ultimi raccolti autonomamente). Dallo studio emerge una non ottimale concordanza fra le due metodiche diagnostiche (68%) : mentre negli individui asintomatici si osserva il più basso tasso di concordanza fra le due tipologie di esame, negli individui sintomatici si apprezza un livello di concordanza più soddisfacente.

Il test salivare, per la semplicità di esecuzione e la bassissima invasività della raccolta del campione, rappresenta chiaramente un’attraente metodica diagnostica da implementare su larga scala come test di screening e per supportare il contact tracing ; tuttavia, tenuto conto della bassa sensibilità dell’esame che emerge da questo lavoro, sono necessari ulteriori studi per validarlo.

Alqahtani M et al.

Evaluation of Rapid Antigen Tests Using Nasal Samples to Diagnose SARS-CoV-2 in Symptomatic Patients

Front Public Health , https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8795669/pdf/fpubh-09-728969.pdf

CONTENUTO E COMMENTO : In questo studio con elevatissima numerosità campionaria (4.183 soggetti inclusi) viene esplorata la capacità diagnostica del test antigenico nasofaringeo rispetto al test molecolare nasofaringeo in soggetti con sintomi lievi. Emerge un’elevata sensibilità del test (82.1%) e una elevatissima specificità (99.1%). La sensibilità del test sembretebbe essere maggiore nei soggetti con alte cariche virali (con valori di Ct inferiori a 24 all’esame molecolare).
La rapidità di esecuzione, i costi contenuti, la possibilità di effettuarli in assenza di macchinari sofisticati, sono certamente i principali pregi dei test antigenici ; ulteriori sforzi dovrebbero essere volti a individuare e a perfezionare algoritmi diagnostici in cui test antigenici e test molecolari vengano combinati, al fine di massimizzare i punti di forza di entrambi.

Puhach O. et al.

Infectious viral load in unvaccinated and vaccinated patients infected with SARS-CoV-2 WT, Delta and Omicron

MedRxiv, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.10.22269010v2.full.pdf

CONTENUTO E COMMENTO : Studio in vitro finalizzato a valutare il titolo quantitativo della carica virale in pazienti COVID-19 comparato alle copie di RNA ed all’isolamento del virus, mediante tampone nasofaringeo, al fine di confrontare tali valori in una popolazione di persone vaccinate e non. Sono stati eseguiti tamponi nasofaringei nei primi 5 giorni di sintomi in 384 pazienti, di cui 118 con pre-VOC Sars-CoV2 e 127 con variante Delta tra i non vaccinati vs. 121 con variante Delta e 18 con Omicron nei vaccinati. La correlazione tra l’infectious viral titres (IVT) e l’RNA copy è stata bassa in tutti i gruppi valutati, così come non sono state osservate correlazioni tra IVT ed età o sesso. E’ stato osservato un maggior numero di copie di RNA nei pazienti con pre-VOC Sars-Cov2 ma un IVT significativamente più elevato nei pazienti con variante Delta. Livelli significativamente più bassi sia di copie di RNA che di IVT  sono stati osservati nel gruppo dei vaccinati, senza sostanziali differenze di IVT tra delta ed omicron. In conclusione l’IVT può essere un utile parametro per valutare la cinetica di shedding virale, fornendo inoltre dati importanti su una più rapida risposta all’infezione nei vaccinati con una minore trasmissibilità del virus. Una limitazione dello studio riguarda il campione di pazienti vaccinati perlopiù con vaccini ad mRNA, i quali forniscono un titolo anticorpale sistemico elevato, ma una bassa quantità di anticorpi mucosali, per cui tali dati non possono essere generalizzati anche per gli altri vaccini.

Fajardo Á et al.

Molecular accuracy vs antigenic speed: SARS-CoV-2 testing strategies

Curr Opin Pharmacol. , https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8687762/pdf/main.pdf

CONTENUTO E COMMENTO : In questo studio viene discusso come interpretare e combinare le diverse metodiche molecolari e antigentiche per la diagnosi di infezione da SARS-CoV-2. La RT-PCR, metodica molecolare, rimane al momento il gold standard diagnostico, grazie alle sua elevatissime sensibilità e specificità. Tuttavia, richiedere laboratori specializzati, personale formato, è una metodica costosa, necessita di tempi tecnici ed è, in alcuni casi, sensibile a tal punto da individuare frammenti genetici del virus in pazienti ormai non più contagiosi. Il test antigenico è molto più rapido del molecolare, meno costoso, non richiede personale specializzato, può essere effettuato « point-of-care » e ha una buona sensibilità nel paziente sintomatico, pur essendo meno sensibile dell’esame molecolare, specialmente nel paziente asintomatico. Gli autori suggeriscono infine un modello che combini test antigenico e molecolare in scenari differenti : un test antigenico positivo sarebbe sempre indicativo di infezione da SARS-CoV-2, mentre un test antigenico negativo dovrebbe essere confermato da un test molecolare nel caso di pazienti sintomatici o asintomatici contatti di casi sospetti o accertati ; un tampone antigenico negativo potrebbe invece essere sufficente per escludere l’infezione se effettuato come screening di popolazione.

Lo studio riassume efficacemente pregi e difetti delle diverse metodiche diagnostiche : un approccio combinato delle due metodiche è il cardine della « test-trace-isolate strategy » (TETRIS) ed è di fondamentale importanza nell’ottica dell’ottimizzazione delle risorse.

Møller IJB et al.

Diagnostic performance, user acceptability, and safety of unsupervised SARS-CoV-2 rapid antigen detecting tests performed at home

Int J Infect Dis., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8759098/pdf/main.pdf

CONTENUTO E COMMENTO : In questo studio danese su 827 partecipanti viene valutata la capacità diagnostica del tampone antigenico rapido effettuato a domicilio rispetto al tampone molecolare, standard diagnostico di riferimento. Ne emerge una discreta sensibilità (62-65%) e un’elevatissima specificità (100%) ; inoltre, la maggior parte dei pazienti sembra preferire il test antigenico a domicilio rispetto al test molecolare effettuato da personale specializzato.

Identificare un valido test rapido, poco costoso e di facile esecuzione da poter effettuare a livello capillare rappresenta una sfida per la « test-trace-isolate strategy » (TETRIS). Il test rapido analizzato in questo studio, nonostante sia di facilissima esecuzione, interpretazione e abbia un costo contenuto, è gravato da una percentuale di falsi negativi troppo elevata.

Berenger BM et al.

Clinical evaluation of nasopharyngeal, midturbinate nasal and oropharyngeal swabs for the detection of SARS-CoV-2

Diagn Microbiol Infect Dis.

https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0732889321003096token=4F3BD0BA8DB548589F0B84E0BD54E5C07B3143375FDEA25B59BA748E971547B84A457C7729A0A281824CC224CFDAA14A&originRegion=eu-west-1&originCreation=20220114210624

CONTENUTO E COMMENTO: Studio che confronta le performance del tampone nasofaringeo, del tampone dei turbinati nasali medi e del tampone dell’orofaringe nella rilevazione del virus SARS-CoV-2. Sono stati sottoposti a tamponi sia partecipanti ospedalizzati che non ospedalizzati, con infezione da SARS-CoV-2 accertata. Nel primo studio è stata riscontrata una percentuale di positività del 90%, 80% e 87%, rispettivamente per il tampone nasofaringeo, per quello dei turbinati nasali medi e dell’orofaringe; nel secondo studio (tampone orofaringeo vs nasofaringeo) è stata riscontrata una percentuale di positività dell 82.1% per l’orofaringeo e dell’87.2% per il nasofaringeo.
Individuare il campione più appropriato, la cui raccolta sia però ben tollerata dal paziente, è un tema di cruciale importanza nella diagnosi dell’infezione da SARS-CoV-2. Tale studio sembrerebbe riscontrare nel tampone orofaringeo una accettabile alternativa al tampone nasofaringeo, standard diagnostico di riferimento.

Barreiro P et al.

A pilot study for the evaluation of an interferon-gamma release assay (IGRA) to measure T-cell immune responses after SARS-CoV-2 infection or vaccination in a unique cloistered cohort

J Clin Microbiol., https://journals.asm.org/doi/epdf/10.1128/jcm.02199-21

CONTENUTO E COMMENTO : Studio su 121 soggetti nei quali è stata valutata la risposta cellulare T-mediata agli antigeni di SARS-CoV-2 mediante un saggio di rilascio di interferon gamma e la risposta anticorpale IgG quantitativa nei confronti della proteina spike e qualitativa nei confronti degli antigeni del nucleocapside, mediante un test in chemiluminescenza. Sono stati riscontrati più elevati livelli di IgG-spike e più elevate concentrazioni di interferon-gamma nei soggetti vaccinati con due dosi e nei soggetti con una precedente storia di COVID-19 di più lunga durata ma non vaccinati.
La risposta immunitaria al virus SARS-CoV-2 è complessa e non può essere ricondotta solamente alla risposta anticorpale : si può facilmente comprendere quindi la discutibile utilità clinica della determinazione del titolo anticorpale dopo la vaccinazione o dopo l’infezione. La determinazione della risposta cellulare T-mediata agli antigeni di SARS-CoV-2 mediante un test di rilascio di interferon gamma (metodica adeguatamente validata per le infezioni da micobatteri, ad esempio) potrebbe pertanto essere di ausilio nel determinare in maniera più esaustiva la protezione verso nuove infezioni o reinfezioni.

Ramachandran A et al.

Performance of Abbott ID-Now rapid nucleic amplification test for laboratory identification of COVID-19 in asymptomatic emergency department patients

J Am Coll Emerg Physicians Open,

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8716572/pdf/EMP2-2-e12592.pdf

CONTENUTO E COMMENTO : Studio prospettico condotto in un Pronto Soccorso su 3121 pazienti asintomatici che mira a valutare la performance di un test molecolare rapido rispetto allo standard diagnostico molecolare di riferimento. E’ stata riscontrata una sensibilità del test molecolare rapido dell’85.1% e una specificità del 99.7%. E’ stata inoltre prevedibilmente riscontrata una una maggior sensibilità del test nei pazienti con più alta carica virale (91.7%).


In una realtà come quella del Pronto Soccorso l’idoneo e rapido inquadramento del paziente è di fondamentale importanza per il corretto allocamento dello stesso. Inoltre l’identificazione del paziente con infezione da SARS-CoV-2, asintomatico ma comunque contagioso, è cruciale. Lo strumento valutato in questo studio sembrerebbe in grado di rilevare il virus rapidamente e con buona sensibilità nella subdola categoria dei pazienti asintomatici, sebbene in presenza di una bassa carica virale tale sensibilità risulterebbe non ottimale. 

Roger S et al.

What is the true place of the SARS-CoV-2 rapid point-of-care antigen test in the hospital setting? Lessons learned from real life

J Med Virol., https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jmv.27505

CONTENUTO : Studio su 4425 soggetti che mira a valutare il potere diagnostico del test antigenico rapido rispetto al tampone molecolare, in un setting a bassa prevalenza dell’infezione. Secondo gli autori il test  antigenico rapido potrebbe avere un suo impiego razionale solo se ristretto ai pazienti sintomatici da meno di 4 giorni.

COMMENTO : Il lavoro rappresenta un ulteriore passo avanti nel percorso di perfezionamento della diagnostica dell’infezione da SARS-CoV-2 che, come nelle altre infezioni, prevede che ogni saggio debba essere comunque utilizzato nelle condizioni specifiche ed il giusto contesto. Questo aspetto è particolarmente rilevante quando il test viene utilizzato al fine dell’attuazione delle misure di contentimento.   

Tariq M et al.

Viable Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Isolates Exhibit Higher Correlation With Rapid Antigen Assays Than Subgenomic RNA or Genomic RNA

Front Microbiol. , https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8633410/pdf/fmicb-12-718497.pdf

CONTENUTO Studio che confronta due diverse tipologie di test antigenico rispetto all’RNA genomico e subgenomico e la coltura cellulare. Viene evidenziata la capacità di entrambe le tipologie di test antigenico di rilevare il virus vitale e pertanto il test antigenico permetterebbe di individuare rapidamente i soggetti potenzialmente contagiosi.

COMMENTO : Si tratta della valutazione della sensibilità linica di due test antigenici. I risultati dimostrano che i saggi hanno una buona sensibilità e eccellente specificità. La positività ad entrambi i test correla con la infettività del virus e quindi, concludono gli autori in maniera preliminare, i positivi al test antigenico sono i soggetti in grado di trasmettere il virus. Il dato è interessante e deve essere confermato ; esso non può comunque essere estrapolato ai risultati ottenuti con altri test antigenici senza una opportuna verifica.

Beyene GT et al.

Saliva is superior over nasopharyngeal swab for detecting SARS-CoV2 in COVID-19 patients

Sci Rep.,

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8608806/pdf/41598_2021_Article_2097.pdf

CONTENUTO : Studio che mira a valutare il potere diagnostico dell’esame molecolare su campione di saliva rispetto allo standard di riferimento (tampone nasofaringeo molecolare). Secondo gli autori il potere diagnostico del campione salivare sembrerebbe addirittura superiore a quello del tampone nasofanigeo e pertanto il campione di saliva potrebbe rappresentare una valida alternativa al tampone faringeo.

COMMENTO : Si tratta di uno studio in cui si valuta ulteriormente la saliva come campione alternativo al tampone nasofaringeo per la diagnosi molecolare dell’infezione da SARS-CoV-2. Come atteso, i risultati confermano che la concordanza tra i risultati ottenuti con i due diversi campioni non è assoluta. Lo studio, tuttavia, aggiunge qualche informazione in più : il virus viene rilasciato più a lungo e mostra un titolo più elevato quando rilevato dalla saliva. Lo studio è molto interessante ma al momento, è opinione di chi scrive, la saliva non rappresenta un campione sostitutivo del tampone nasofaringeo ma soltanto un valido campione alternativo.  

Uddin MKM et al.

Diagnostic Performance of Self-Collected Saliva Versus Nasopharyngeal Swab for the Molecular Detection of SARS-CoV-2 in the Clinical Setting

Microbiol Spectr. , https://journals.asm.org/doi/epub/10.1128/Spectrum.00468-21

CONTENUTO: Sempre più attenzione viene posta sul test salivare per la diagnosi di infezione da SARS-CoV-2, per via della minor invasività e della facilità di raccolta del campione. In questo studio su 596 partecipanti è stata riscontrata una sensibilità dell’80.3% e una specificità del 99.4% del tampone molecolare su saliva rispetto al tampone molecolare nasofaringeo. 

COMMENTO: Continuano ad essere pubblicati studi sulla potenzialità della saliva come campione biologico da utilizzare per la diagnosi di infezione da SARS-CoV-2. Questo studio rafforza l’idea che la saliva è un campione biologico affidabile per arrivare alla diagnosi di infezione da SARS-CoV-2, quando utilizzato per l’indagine molecolare.  Ha diversi vantaggi rispetto al tampone nasofaringeo perché si ottiene tramite un prelievo non invasivo e non richiede operatori dedicati. Queste osservazioni potrebbero risultare molto importanti per la gestione della pandemia COVID-19.  

Laferl H et al.

Am J Infect Control. 

Evaluation of RT-qPCR of mouthwash and buccal swabs for detection of SARS-CoV-2 in children and adults

Am J Infect Control., https://www.ajicjournal.org/action/showPdf?pii=S0196-6553%2821%2900681-7

CONTENUTO : In questo studio viene analizzata la rilevazione molecolare di SARS-CoV-2 su due particolari campioni, il risciacquo della cavità orale e il tampone buccale, a confronto con il gold standard diagnostico (tampone nasofaringeo). Sono stati arruolati nello studio anche bambini, una speciale popolazione per la quale sarebbe estremamente interessante valutare campioni diagnostici alternativi, più semplici da raccogliere. Rispetto al gold standard, la sensibilità complessiva riscontrata del risciacquo della cavità orale e del tampone buccale è stata rispettivamente del 65.4% e del 42.4%.

COMMENTO :Questo lavoro si inserisce perfettamente su quanto soprariportato e commentato. Nella fattispecie mentre la saliva può essere considerata un campione biologico da utilizzare (vedi sopra), altri campioni prelevati dalla cavità orale (tampone buccale o lavaggio della cavità orale) hanno mostrato una bassa sensibilità se paragonati al classico tampone nasofaringeo.   E’ fondamentale che, prima dell’immissione sul mercato, tutti i test vengano validati dal punto di vista della sensibilità clinica oltre che analitica.

Turcato G et.

Am J Emerg Med. 
Rapid antigen test to identify COVID-19 infected patients with and without symptoms admitted to the Emergency Department

https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0735675721008573?token=7DE00EAAD3CDA246F586C0A3ED858AD7B91B2E077DF21AC8AAF4850394F46E04D3725E464CD6D83811FC213ABA4469CD&originRegion=eu-west-1&originCreation=20211105150126

CONTENUTO : Studio con elevata numerosità campionaria (3899 pazienti), condotto in pronto soccorso, che valuta la sensibilità e la specificità del test anitgenico rapido rispetto al tampone nasofaringeo molecoalre. La sensibilità e la specificità del tampone antigenico rapido è risultata essere rspettivamente dell’82.9% e del 99.1%. La sensibilità è risultata essere più alta nei pazienti sintomatici (89.8%) e più bassa negli asintomatici (63.1%).

COMMENTO:Nel pronto soccorso di molti ospedali italiani  nei pazienti in ingresso viene utilizzato il testo antigenico come screening iniziale per cercare di individuare i potenziali trasmettitori dell’infezione da SARS-CoV-2 e adottare quindi le idonee misure di contenimento. Come atteso, i dati raccolti dimostrano che tale strategia è utile ma non garantisce il successo in maniera assoluta.  In sostanza essa sembra funzionare bene nei pazienti sintomatici, ma non nei pazienti asintomatici dove la sensibilità è risultata essere pari a circa il 60%. Gli operatori del pronto soccorso debbono considerare con attenzione questo dato in modo da attuare nella maniera più idonea e completa le misure di contenimento. 

Sauleda et al.

Clinical evaluation of the Procleix SARS-CoV-2 assay, a sensitive, high-throughput test that runs on an automated system

Diagn Microbiol Infect Dis.

https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0732889321002522?token=CCD953E1E61F0244029EDBE1F0E2D3F2A3FBBA1EEAE0BA96DACA8E56992040CA6A05624E8402991B813BD0C42BD6A506&originRegion=eu-west-1&originCreation=20211029202107

CONTENUTO : Lo studio mira a valutare sensibilità e specificità del test molecolare automatizzato Procleix SARS-CoV-2. Lo studio sembra mostrare un’elevatissima specificità e un’elevata sensibilità, quest’ultima addirittura superiore rispetto ad alcuni comparator.

COMMENTO: Nonostante la straordinaria evoluzione della diagnostica molecolare nel campo della COVID-19, molti ricercatori sono impegnati nel cercare di aumentare la sensibilità dei test molecolari perché esiste ancora una percentuale di falsi negativi al tampone molecolare. Ciò è vero soprattutto se   consideriamo le prime fasi dell’infezione. Gli autori con la messa a punto di un nuovo saggio molecolare sono riusciti a rilevare la presenza del virus in campioni considerati negativi con altri test molecolari.

Questa nuova tecnica, se consolidata, potrebbe essere molto utile durante le prime fasi dell’infezione quando è fondamentale poter indirizzare il soggetto verso misure di contenimento che ostacolino la diffusione del virus.  Al contrario tecniche con elevata sensibilità quando utilizzate nelle ultime fasi dell’infezione debbono essere considerate con attenzione perché in grado di generare confusione relativamente alla potenzialità di trasmettere il virus. 

Winkel B et al.

Screening for SARS-CoV-2 infection in asymptomatic individuals using the Panbio COVID-19 antigen rapid test (Abbott) compared with RT-PCR: a prospective cohort study

BMJ Open , https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8520587/pdf/bmjopen-2020-048206.pdf

CONTENUTO : Studio prospettico che mira a valutare sensibilità e specificità di un test antigenico rapido « point-of-care » (Panbio COVID-19 Ag Rapid Test, Abbott) rispetto allo standar di riferimento, nelle varie fasi dell’infezione. In particolare, negli individui asintomatici, gli autori hanno riscontrato una buona sensibilità del test (80-86.67%) e un’ottimo specificità (99.53-100%), sebbene il campione in esame, costituito principalmente da maschi atleti professionisti, non sia rappresentativo della popolazione generale.

COMMENTO : Si tratta della valutazione “real-life” di un test antigenico commercializzato da una grande azienda di diagnostica e per questo utilizzato ampiamente e in numerosi paesi.  Considerando la popolazione esaminata, il saggio mostra una ottima sensibilità e specificità. Il lavoro rappresenta un ulteriore passo avanti nel percorso di evoluzione della diagnostica dell’infezione da SARS-CoV-2 che, come nelle altre infezioni, prevede che ogni saggio debba essere comunque utilizzato nel contesto giusto. 

Cristiano A et al.

Serological anti-SARS-CoV-2 neutralizing antibodies association to live virus neutralizing test titers in COVID-19 paucisymptomatic/symptomatic patients and vaccinated subjects

Int Immunopharmacol., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8487771/pdf/main.pdf

CONTENUTO : Lo studio mette in correlazione la concentrazione degli anticorpi anti-spike neutralizzanti e il titolo del test di neutralizzazione virale in soggetti paucisintomatici, sintomatici e vaccinati, al fine di stabilire un valore cut-off di concentrazione anticorpale per indivduare quei soggetti che potrebbero avere un basso rischio di infezione. Gli autori hanno riscontrato un’ottima correlazione fra la concentrazione degli anticorpi neutralizzazionti e l’attività neutralizzante.

COMMENTO: E’ stato sviluppato un numero smisurato di saggi sierologici per rilevare anticorpi specifici anti-SARS-CoV-2. I saggi presentano diversi livelli di sensibilità e specificità analitica e clinica e molti sono dotati di grande affidabilità. Tuttavia, nella maggior parte dei casi, essi non sono in grado di mettere in evidenza il potere neutralizzante degli anticorpi che rilevano. 

Nel presente lavoro si mette in evidenza l’associazione tra titolo rilevato con uno specifico test in chemiluminescenza e il titolo neutralizzante rilevato in un sistema biologico virus-cellule. Gli autori affermano giustamente che non è possibile comunque stabilire un valore di cut-off in grado di predire la protezione dall'infezione da virus. Nella valutazione di tale parametro occorre tener presente, anche se nel lavoro non viene discusso abbastanza, che mentre cominciano ad essere pubblicati lavori importanti sulla produzione di anticorpi neutralizzanti come correlato della protezione dalla malattia indotta da vaccino,  nella infezione naturale la presenza di anticorpi neutralizzanti non è sempre associata ad un decorso asintomatico.

Sberna G et al.

Comparison of Allplex™ SARS-CoV-2 Assay, Easy SARS-CoV-2 WE and Lumipulse quantitative SARS-CoV-2 antigen test performance using automated systems for the diagnosis of COVID-19

Int J Infect Dis., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8479447/pdf/main.pdf

CONTENUTO : Lo studio compara il test antigenico su tampone nasofaringeo (con metodo in chemiluminescenza) rispetto al test molecolare su tampone nasofaringeo, standard diagnostico di riferimento. Viene riscontrata una specificità dell’89% e una sensibilità dell’84% del test antigenico, sensibilità che supererebbe il 95%, in caso di alte cariche virali. Pertanto gli autori suggeriscono un ruolo del test antigenico nell’identificare pazienti con alte cariche virali, più probabilmente in grado di trasmettere il virus.

COMMENTO: Per ragioni tecniche, e quindi per definizione, i test antigenici sono meno sensibili dei test molecolari. L’evoluzione dei test antigenici ha permesso tuttavia la commercializzazione di test antigenici sempre più sensibili. È il caso del test antigenico descritto nel lavoro preso in esame in cui gli autori descrivono un risultato abbastanza scontato: quando il titolo del virus è elevato, e quindi il soggetto può trasmettere di più l’infezione, la sensibilità del saggio antigenico e molecolare è paragonabile. Vale la pena ribadire che è fondamentale che ogni saggio venga utilizzato nel contesto giusto. 

Krempe F et al.

A rapid test recognizing mucosal SARS-CoV-2-specific antibodies distinguishes prodromal from convalescent COVID-19

iScience , https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8481626/pdf/main.pdf

CONTENUTO : In questo studio viene valutato se un test rapido per la rilevazione di IgG anti-SARS-CoV-2 su tampone nasofaringeo, combinato con un classico test molecolare, sia in grado di discriminare fra fase prodromica precoce dell’infezione (fase in cui il paziente è altamente contagioso) e fase tardiva di convalescenza (fase in cui il paziente tende ad essere non contagioso). Sono stati valutati campioni di pazienti con infezione precoce, infezione tardiva e campioni di pazienti senza infezione attiva e senza storia di infezione. Sebbene il dato debba essere interpretato con estrema attenzione, data anche l’esigua numerosità campionaria, tale test rapido per la ricerca di IgG su tampone nasofaringeo sembrerebbe contribuire a discriminare tre le due fasi dell’infezione.

COMMENTO:Per ottimizzare le misure di contenimento, è molto importante poter distinguere in maniera chiara i soggetti infetti da SARS-CoV-2 che possono trasmettere l’infezione da quelli che, pur essendo ancora malati, non sono più in grado di trasmettere l’infezione. In sostanza in qualche momento della storia naturale dell’infezione il titolo del virus può non rappresentare un indice utile per distinguere queste due tipi di situazione. Gli autori dello studio preso in esame hanno dimostrato, utilizzando saggi non ancora commercializzati, che è possibile distinguere le due fasi di cui sopra misurando gli anticorpi  sul materiale prelevato dalle secrezioni respiratorie. I soggetti che presentano anticorpi anti-SARS-CoV-2 rilevabili direttamente nel tampone nasofaringeo sono coloro che presumibilmente non sono in grado di trasmettere l’infezione.  Si tratta di osservazioni importanti ma che necessitano di consolidamento soprattutto in relazione al loro utilizzo di routine.

Borges LP et al.

Rapid diagnosis of COVID-19 in the first year of the pandemic: A systematic review

Int Immunopharmacol., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8440261/pdf/main.pdf

CONTENUTO: Review sistematica su test rapidi e point of care per la diagnosi di infezione da SARS-CoV-2 (test sierologici, test antigenici e test molecolari rapidi). Dallo studio emerge una scarsa sensibilità dei test rapidi nella prima settimana dall’inizio dei sintomi. Gli autori concludono che gli studi analizzati in questa review sono stati condotti con uno scarso rigore scientifico.

COMMENTO:La letteratura scientifica sta considerando alcuni “errori” fatti nel corso degli ultimi mesi sul tema della diagnostica dell’infezione da SARS-CoV-2 analizzando l’attendibilità dei saggi per la diagnosi di infezione da SARS-CoV-2.  Su questo tema sono apparsi diversi articoli anche su prestigiose riviste quali Nature Biotechnology.

La spiacevole e imbarazzante conclusione è che sono stati immessi sul mercato saggi non dotati di una adeguata sensibilità e specificità. In sostanza, sotto la spinta di diversi fattori (ad esempio: limiti dell’approvvigionamento dei saggi molecolari; percentuale significativa di falsi negativi; necessità di una diagnostica alternativa/aggiuntiva in un paziente con una sindrome clinica compatibile; etc.) il numero dei test per SARS-CoV-2 è cresciuto vertiginosamente con prezzi e qualità molto variabili.  In una certa percentuale di casi, l'affidabilità dei test è stata preliminarmente determinata da piccoli studi di convalida eseguiti dal produttore del test, rendendo quindi almeno discutibile il loro utilizzo per una corretta diagnosi di SARS-CoV-2. Occorre porre attenzione a questo tema perché non ci sono più le condizioni di emergenza e sulla corretta diagnosi di infezione si basa tutta la politica delle campagne di contenimento.

Rubin R.

COVID-19 Testing Moves Out of the Clinic and Into the Home

JAMA, https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/278455

CONTENUTO : Analisi sulla possibilità di effettuare test antigenici rapidi presso il proprio domicilio. La riflessione nasce dalla recente autorizzazione della Food and Drug Administration di sette test antigenici rapidi da banco. Pregi e difetti di questo tipo di test.

COMMENTO: La Food and Drug Administration (FDA) statunitense ha recentemente autorizzato l'uso di alcuni test antigenici rapidi per diagnosticare l’infezione da SARS-CoV-2 a domicilio. I test sono venduti nelle farmacie ma anche su Amazon e nei supermercati.

L’articolo ripropone alcune questioni di sanità pubblica sulle quali si è discusso e scritto molto nei mesi scorsi. I saggi antigenici, soprattutto se eseguiti, a domicilio sono meno sensibili di quanto atteso. Esiste una importante quota di falsi negativi rispetto al cosiddetto tampone molecolare. In sostanza, studi eseguiti ad hoc suggeriscono che i test non sono così sensibili quando utilizzati nel contesto “reale”, rispetto alle attese sulla base di studi controllati. La minore sensibilità può essere associata anche all’utilizzo da parte dell'operatore non esperto. L’errore può essere relativo alla procedura (non corretto prelievo dalle cavità nasali) o al momento del prelievo (troppo presto o troppo tardi rispetto all’esordio dei sintomi o rispetto al contatto con il soggetto infetto da SARS-CoV-2). Ne consegue che la carica virale potrebbe essere troppo bassa per essere rilevata.

In conclusione, i test antigenici rapidi per SARS-CoV-2 a domicilio potrebbero risultare mlto importanti per la gestione della pandemia COVID-19 ma stiamo ancora cercando di capire come utilizzarli in maniera adeguata ed efficace ai fini del contenimento. 

Kritikos et al.

Sensitivity of Rapid Antigen Testing and RT-PCR Performed on Nasopharyngeal Swabs versus Saliva Samples in COVID-19 Hospitalized Patients: Results of a Prospective Comparative Trial (RESTART)

Microorganisms, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8464722/pdf/microorganisms-09-01910.pdf

CONTENUTO: Studio osservazionale prospettico su sensibilità e specificità dei test molecolari su campione salivare, rispetto allo standard di riferimento su campione nasofaringeo. Dallo studio emerge una sensibilità non ottimale del test molecolare salivare, sebbene il dato debba essere interpretato con attenzione, in considerazione della esigua numerosità campionaria (58 campioni appaiati nasofaringei-salivari).

COMMENTO : Vista la facilità di prelievo, continuano ad essere pubblicati studi sulla potenzialità della saliva come campione biologico da utilizzare per la diagnosi di infezione da SARS-CoV-2. 

Questo lavoro in particolare rappresenta una ulteriore dimostrazione che la strada per l’utilizzo appieno della saliva come campione biologico non è ancora conclusa. Non esiste infatti una coincidenza tra risultati del tampone rinofaringeo con quelli ottenuti dalla saliva.  E’  fondamentale che, prima dell’immissione sul mercato, i test vengano validati anche dal punto di vista della sensibilità clinica oltre che analitica. In altri termini occorre provare i test nelle situazioni reali prima della commercializzazione per verificare la loro affidabilità.

M. Migueres et al.

Evaluation of two RT-PCR screening assays for identifying SARS-CoV-2 variants

J Clin Virol., https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1386653221002365

CONTENUTO: Lo studio va a valutare la capacità della metodica ID triplex di rilevare le VOC e determinare il grado di correlazione con la metodica TaqPath, usata come metodica RT-PCR di screening. E’ stata riscontrata una elevata concordanza fra le due metodiche nella rilevazione della variante B.1.1.7, la quale sembra inoltre associarsi a cariche virali più elevate. La metodica ID triplex sembra essere in grado di rilevare rapidamente ed efficacemente le tre varianti al momento prevalenti.

COMMENTO: E’ certo che le indagini epidemiologiche che mirano alla individuazione delle nuove varianti virali di SARS-CoV-2 hanno significato solo se eseguite su larga scala. Tuttavia, una volta che le varianti si sono affermate in una determinata popolazione o a livello mondiale, come è il caso delle varianti prima alfa e poi delta, può essere utile dotare i singoli laboratori di saggi che permettano una rilevazione rapida ed efficace. Ciò allo scopo di adottare, se del caso,  misure speciali e/o specifiche di contenimento.  In questo ambito l’osservazione relativa alla messa a punto di un nuovo saggio molecolare assume una certa rilevanza nel panorama delle recenti acquisizioni.

Nacher M, et al.

Diagnostic accuracy and acceptability of molecular diagnosis of COVID-19 on saliva samples relative to nasopharyngeal swabs in tropical hospital and extra-hospital contexts: The COVISAL study. 

PLoS One, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8437265/pdf/pone.0257169.pdf

CONTENUTO: Studio prospettico condotto in French Guiana che mira a valutare la performance del test salivare molecolare rispetto al tampone nasofaringeo molecolare. Sono stati inclusi nell’analisi 1028 pazienti. E’ stata riscontrata una sensibilità del test salivare del 100%, un potere predittivo positivo e negativo di circa il 90%.

COMMENTO: Gli studi sulla potenzialità della saliva come campione biologico da utilizzare per la diagnosi di infezione da SARS-CoV-2 sono molti. Essi hanno assunto una certa rilevanza soprattutto in riferimento all’utilizzo della saliva come campione di scelta in alcuni contesti/ambienti, per esempio quello scolastico. Il lavoro rappresenta un ulteriore passo di un percorso che tuttavia non si è ancora concluso vista, la non sovrapposizione assoluta tra risultati del tampone rinofaringeo con quelli ottenuti dalla saliva. Vale la pena di ribadire con forza che è fondamentale, dal punto di vista della virologia clinica, che ogni saggio venga utilizzato nel contesto giusto. 

Yokota I et al

A novel strategy for SARS-CoV-2 mass screening with quantitative antigen testing of saliva: a diagnostic accuracy study

The Lancet, May 2021; doi.org/10.1016/S2666-5247(21)00092-6

COMMENTO: Background : Quantitative RT-PCR (RT-qPCR) of nasopharyngeal  swab (NPS) samples for SARS-CoV-2 detection requires medical personnel and is time consuming, and thus is poorly suited to mass screening. In June, 2020, a chemiluminescent enzyme immunoassay (CLEIA; Lumipulse G SARS-CoV-2 Ag kit, Fujirebio, Tokyo, Japan) was developed that can detect SARS-CoV-2 nucleoproteins in NPS or saliva samples within 35 min. In thisstudy, weassessed the utility of CLEIA in mass SARS-CoV-2 screening.

Methods : We did a diagnostic accuracystudy to develop a mass-screening strategy for salivary detection of SARS-CoV-2 by CLEIA, enrolling hospitalised patients with clinically confirmed COVID-19, close contacts identified at community health centres, and asymptomatic international arrivals at twoairports, all based in Japan. All test participants were enrolled consecutively. We assessed the diagnostic accuracy of CLEIA comparedwith RT-qPCR, estimatedaccording to concordance (Kendall's coefficient of concordance, W), and sensitivity (probability of CLEIA positivitygiven RT-qPCRpositivity) and specificity (probability of CLEIA negativitygiven RT-qPCRnegativity) for different antigen concentration cutoffs (0·19 pg/mL, 0·67 pg/mL, and 4·00 pg/mL; withsamplesconsidered positive if the antigen concentration wasequal to or more than the cutoff and negative if itwaslessthan the cutoff). We also assessed a two-step testing strategy post hoc with CLEIA as an initial test, using separate antigen cutoff values for test negativity and positivity from the predefined cutoff  values. The proportion of intermediate results requiring secondary RT-Qpcr was then quantified assuming prevalence values of RT-qPCRpositivity in the overall tested population of 10%, 30%, and 50%.

Findings : Self-collected saliva was obtained from 2056 participants between June 12 and Aug 6, 2020. Results of CLEIA and RT-qPCR were concordant in 2020 (98·2%) samples (Kendall's W=0·99). Test sensitivity was 85·4% (76 of 89 positive samples; 90% credible interval [CrI] 78·0–90·3) at the cutoff of 0·19 pg/mL; 76·4% (68 of 89; 68·2–82·8) at the cutoff of 0·67 pg/mL; and 52·8% (47 of 89; 44·1–61·3) at the cutoff of 4·0 pg/mL. Test specificity was 91·3% (1796 of 1967 negative samples; 90% CrI 90·2–92·3) at the cutoff of 0·19 pg/mL, 99·2% (1952 of 1967; 98·8–99·5) at the cutoff of 0·67 pg/mL, and 100·0% (1967 of 1967; 99·8–100·0) at the cutoff of 4·00 pg/mL. Using a two-step testing strategy with a CLEIA negativity cutoff of 0·19 pg/mL (to maximise sensitivity) and a CLEIA positivity cutoff of 4·00 pg/mL (to maximise specificity), the proportions of indeterminate results (ie, samples requiring secondary RT-qPCR) would be approximately 11% assuming a prevalence of RT-qPCRpositivity of 10%, 16% assuming a prevalence of RT-qPCRpositivity of 30%, and 21% assuming a prevalence of RT-qPCR positivity of 50%.

Interpretation : CLEIA testing of self-collected saliva is simple and provides results quickly, and is thus suitable for mass testing. To improve accuracy, we propose a two-step screening strategy with an initial CLEIA test followed by confirmatory RT-qPCR for intermediate concentrations, varying positive and negative thresholds depending on local prevalence. Implementation of thisstrategy has expedited sample processing at Japaneseairportssince July, 2020, and mightapply to other large-scale mass screening initiatives.

Ong DSY et al

How to interpret and use COVID-19 serology and immunology tests

Clinical Microbiology and Infection, May 2021; DOI: 10.1016/j.cmi.2021.05.001

COMMENTO : BACKGROUND: Although molecular tests are considered the gold standard for coronavirus disease 2019 (COVID-19) diagnostics, serological and immunological tests may be useful in specific settings. OBJECTIVES: This review summarises the underlying principles and performance of COVID-19 serological and immunological testing. SOURCES: Selected peer-reviewed publications on COVID-19 related serology and immunology published between December 2019 and March 2021. CONTENT: Serological tests are highly specific but heterogeneous in their sensitivity for the diagnosis of COVID-19. For certain indications, including delayed disease presentations, serological tests can have added value. The presence of antibodies against SARS-CoV-2 may indicate a recent or past COVID-19 infection. Lateral flow immunoassay (LFIA) antibody tests have the advantages of being easy and fast to perform, but many have a low sensitivity in acute settings. Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and chemiluminescence immunoassays (CLIA) have higher sensitivities. Besides humoral immunity, cellular immunity is also essential for successful host defences against viruses. Enzyme-linked immunospot (ELISpot) assays can be used to measure T-cell responses against SARS-CoV-2. The presence of cross-reactive SARS-CoV-2-specific T-cells in never exposed patients suggests the possibility of cellular immunity induced by other circulating coronaviruses. T-cell responses against SARS-CoV-2 have also been detected in recovered COVID-19 patients with no detectable antibodies. IMPLICATIONS: Serological and immunological tests are primarily applied for population-based seroprevalence studies to evaluate the effectiveness of COVID-19 control measures and increase our understanding of the immunology behind COVID-19. Combining molecular diagnostics with serological tests may optimise the detection of COVID-19. As not all infected patients will develop antibodies against SARS-CoV-2, assessment of cellular immunity may provide complementary information on whether a patient has been previously infected with COVID-19. More studies are needed to understand the correlations of these serological and immunological parameters with protective immunity, taking into account the different circulating virus variants.

Jarhult JD et al         

The impact of viremia on organ failure, biomarkers and mortality in a Swedish cohort of critically ill COVID-19 patients

Scientific Reports, March 2021; doi.org/10.1038/s41598-021-86500-y

COMMENTO: The spread of virus via the blood stream has been suggested to contribute to extra-pulmonary organ failure in Coronavirus disease 2019 (COVID-19). We assessed SARS-CoV-2 RNAemia (RNAemia) and the association between RNAemia and inflammation, organ failure and mortality in critically ill COVID-19 patients. We included all patients with PCR verified COVID-19 and consent admitted to ICU. SARS-CoV-2 RNA copies above 1000/ml measured by PCR in plasma was defined as RNAemia and used as surrogate for viremia. In this cohort of 92 patients 59 (64%) were invasively ventilated. RNAemia was found in 31 patients (34%). Hypertension and corticosteroid treatment was more common in patients with RNAemia. Extra-pulmonary organ failure biomarkers and the extent of organ failure were similar in patients with and without RNAemia, but the former group had more renal replacement therapy and higher mortality (26 vs 16%; 35 vs 16%, respectively, p = 0.04). RNAemia was not an independent predictor of death at 30 days after adjustment for age. SARS-CoV2 RNA copies in plasma is a common finding in ICU patients with COVID-19. Although viremia was not associated with extra pulmonary organ failure it was more common in patients who did not survive to 30 days after ICU admission.

Bauer G et al

The potential significance of high avidity IgG for protective immunity towards SARS-CoV-2

International Journal of Infectious Diseaeses, March 2021; DOI: 10.1016/j.ijid.2021.01.061

COMMENTO : BACKGROUND: Avidity is defined as the strength of binding between IgG and its specific target epitope. IgG of high avidity is established during affinity maturation. A failure to achieve high avidity IgG may result in the lack of protective immunity towards infection and disease. It is known that the interaction between SARS-CoV-2 spike protein and its cellular receptor is driven by high affinity. Therefore it is predictable that protective antibodies towards SARS-CoV-2 should show high affinity/avidity. AVIDITY AFTER SARS-COV-2 INFECTION: Recent findings by several groups demonstrate that the serological response towards infection with SARS-CoV-2 as well as with seasonal coronaviruses is characterized by incomplete avidity maturation, followed by a decline of the serological response. This might facilitate reinfection, prevent herd immunity and potentially allow repeated cycles of infection. CONSEQUENCES FOR VACCINATION TOWARDS SARS-COV-2: Therefore, the sole focus on antibody titers reached after vaccination towards SARS-CoV-2 might not be sufficient to evaluate the degree of achieved protection. Rather, it is suggested to include avidity determination into the optimization of vaccination protocols and to try to achieve high avidity IgG directed towards SARS-CoV-2 through vaccination. Avidity determination also might be useful to control for truly protective immunity towards SARS-CoV-2 in individual cases.

Van Elslande J et al

Estimated half-life of SARS-CoV-2 anti-spike antibodies more than double the half-life of anti-nucleocapsid antibodies in healthcare workers

Clinical Infectious Diseases, March 2021 ; doi.org/10.1093/cid/ciab219

COMMENTO: We report antibody levels for anti-S and anti-N in 118 individual HCW with a previous SARS-CoV-2 infection. Participants were sampled 1-3 months (28-103 days) and 7-10 months (209-315 days) after positive PCR. Seroconversion for anti-S and anti-N typically occurs within 28 days after positive PCR [3]. Antibodies were measured on Abbott Architect with the SARS-CoV-2 IgG (anti-N) and IgG II Quant (anti-S) assays using the manufacturer’s cut-offs for positivity of 1.4 S/CO and 50 AU/mL, respectively. The median age was 48 years old (range 20-62), with 88.1% women. Most participants experienced mild disease and only six participants were briefly hospitalized.

Abbasi J et al

Saliva Tests Comparable With Nasal Swabs for SARS-CoV-2 Detection

JAMA, March 2021; doi:10.1001/jama.2021.1780

COMMENTO: During the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, polymerase chain reaction testing with nasopharyngeal swabs has been the standard diagnostic approach, but the method is uncomfortable and requires a trained health professional. Now, 2 meta-analyses have concluded that self-administered saliva tests are on par with nose and throat swabs for detecting severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2).

Carlicchi E et al

Chest-CT mimics of COVID-19 pneumonia-a review article

Emerging Radiology, March 2021; DOI: 10.1007/s10140-021-01919-0

COMMENTO : Coronavirus disease 2019 (COVID-19) emerged in early December 2019 in China, as an acute lower respiratory tract infection and spread rapidly worldwide being declared a pandemic in March 2020. Chest-computed tomography (CT) has been utilized in different clinical settings of COVID-19 patients; however, COVID-19 imaging appearance is highly variable and nonspecific. Indeed, many pulmonary infections and non-infectious diseases can show similar CT findings and mimic COVID-19 pneumonia. In this review, we discuss clinical conditions that share a similar imaging appearance with COVID-19 pneumonia, in order to identify imaging and clinical characteristics useful in the differential diagnosis.

Min-Chul K et al

Duration of Culturable SARS-CoV-2 in Hospitalized Patients with Covid-19

NEJM, February 2021 ; DOI: 10.1056/NEJMc2027040

COMMENTO: The duration of transmissibility of coronavirus disease 2019 (Covid-19) and the associated level of contagion have been uncertain. We cultured severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in serial respiratory samples obtained from hospitalized patients with Covid-19 to assess the duration of shedding of viable virus.

Folgueira MD et al

Prolonged SARS-CoV-2 cell culture replication in respiratory samples from patients with severe COVID-19

Clinical Microbiology and Infection, February 2021; doi.org/10.1016/j.cmi.2021.02.014

COMMENTO: Objectives : This study compares the infectivity of SARS-CoV-2 in respiratory samSuples from patients with mild COVID-19 with those from hospitalised patients with severe bilateral pneumonia. In severe COVID-19, we also analysed the presence of neutralising activity in paired sera.

Methods : We performed cell cultures on 193 real-time reverse transcription polymerase chain reaction respiratory samples, positive for SARS-CoV-2, obtained from 189 patients at various times, from clinical diagnosis to follow-up. Eleven samples were obtained from asymptomatic individuals, 91 samples from 91 outpatients with mild forms of COVID-19, and 91 samples from 87 inpatients with severe pneumonia. In these patients, neutralising activity was analysed in 30 paired sera collected after symptom onset >10 days.

Results : We detected a cytopathic effect (CPE) in 91 (91/193, 47%) samples. Viral viability was maintained for up to 10 days in the patients with mild COVID-19. In the patients with severe COVID-19, the virus remained viable for up to 32 days after the onset of symptoms. Patients with severe COVID-19 presented infectious virus at a significantly higher rate in the samples with moderate to low viral load (cycle threshold value >26): 32/75 (43%) versus 14/63 (22%) for mild cases (P < 0.01). We observed a positive CPE despite the presence of clear neutralising activity (NT50 >1:1024 in 10% (3/30) of samples.

Conclusions : Patients with severe COVID-19 might shed viable virus during prolonged periods of up to 4 weeks after symptom onset, even when presenting high cycle threshold values in their respiratory samples and despite having developed high neutralising antibody titres.

May M et al

Limited Utility of Procalcitonin in Identifying Community-Associated Bacterial Infections in Patients Presenting with Coronavirus Disease 2019

Antimicrobial Agents and Chemotherapy, January 2021;  DOI: 10.1128/AAC.02167-20

COMMENTO: The role of procalcitonin in identifying community-associated bacterial infections among patients with coronavirus disease 2019 is not yet established. In 2443 patients with 148 bacterial co-infections, mean procalcitonin levels were significantly higher with any bacterial infection (13.16 ± 51.19 ng/mL, p=0.0091) and with bacteremia (34.25 ± 85.01 ng/mL, p=0.0125) than without infection (2.00 ±15.26 ng/mL). Procalcitonin (cutoff 0.25 or 0.50 ng/mL) did not reliably identify bacterial co-infections, but may be useful in excluding bacterial infection.

Harvey RA et al

Association of SARS-CoV-2 Seropositive Antibody Test With Risk of Future Infection

JAMA, February 2021 ; doi:10.1001/jamainternmed.2021.0366

COMMENTO : Importance  Understanding the effect of serum antibodies to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) on susceptibility to infection is important for identifying at-risk populations and could have implications for vaccine deployment.

Objective  The study purpose was to evaluate evidence of SARS-CoV-2 infection based on diagnostic nucleic acid amplification test (NAAT) among patients with positive vs negative test results for antibodies in an observational descriptive cohort study of clinical laboratory and linked claims data.

Design, Setting, and Participants  The study created cohorts from a deidentified data set composed of commercial laboratory tests, medical and pharmacy claims, electronic health records, and hospital chargemaster data. Patients were categorized as antibody-positive or antibody-negative according to their first SARS-CoV-2 antibody test in the database.

Main Outcomes and Measures  Primary end points were post-index diagnostic NAAT results, with infection defined as a positive diagnostic test post-index, measured in 30-day intervals (0-30, 31-60, 61-90, >90 days). Additional measures included demographic, geographic, and clinical characteristics at the time of the index antibody test, including recorded signs and symptoms or prior evidence of coronavirus 2019 (COVID) diagnoses or positive NAAT results and recorded comorbidities.

Results  The cohort included 3 257 478 unique patients with an index antibody test; 56% were female with a median (SD) age of 48 (20) years. Of these, 2 876 773 (88.3%) had a negative index antibody result, and 378 606 (11.6%) had a positive index antibody result. Patients with a negative antibody test result were older than those with a positive result (mean age 48 vs 44 years). Of index-positive patients, 18.4% converted to seronegative over the follow-up period. During the follow-up periods, the ratio (95% CI) of positive NAAT results among individuals who had a positive antibody test at index vs those with a negative antibody test at index was 2.85 (95% CI, 2.73-2.97) at 0 to 30 days, 0.67 (95% CI, 0.6-0.74) at 31 to 60 days, 0.29 (95% CI, 0.24-0.35) at 61 to 90 days, and 0.10 (95% CI, 0.05-0.19) at more than 90 days.

Conclusions and Relevance  In this cohort study, patients with positive antibody test results were initially more likely to have positive NAAT results, consistent with prolonged RNA shedding, but became markedly less likely to have positive NAAT results over time, suggesting that seropositivity is associated with protection from infection. The duration of protection is unknown, and protection may wane over time.

Kevadiya BD et al

Diagnostics for SARS-CoV-2 infections

Nature, June 2020; doi.org/10.1016/j.cmi.2020.06.019

COMMENTO : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has spread to nearlyevery corner of the globe, causingsocietalinstability. The resultant coronavirus disease 2019 (COVID-19) leads to fever, sore throat, cough, chest and muscle pain, dyspnoea, confusion, anosmia, ageusia and headache. These can progress to life-threatening respiratory insufficiency, alsoaffecting the heart, kidney, liver and nervoussystems. The diagnosis of SARS-CoV-2 infection is often confused with that of influenza and season aluppe rrespiratory tract viral infections. Due to availabl etreatment strategies and required containments, rapid diagnosis is mandated. This Reviewbringsclarity to the rapidlygrowing body of available and in-development diagnostic tests, including nanomaterial-basedtools. It serves as a resource guide for scientists, physicians, students and the public at large.

Han MS et al

RT-PCR for SARS-CoV-2: quantitative versus qualitative

The Lancet, May 2020; doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30424-2

COMMENTO: During the ongoing coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, monitoring patients infectedwithsevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) using viral kinetics or viral loads in varioussample types by real-time RT-PCR has becomeessential. However, understandingwhether the RT-PCR test results are interpreted as quantitative, qualitative, or semi-quantitative is important.

Manabe Y et al

Self-Collected Oral Fluid Saliva Is Insensitive Compared With Nasal-Oropharyngeal Swabs in the Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Outpatients

Open Forum Infectious Diseases, December 2020; doi.org/10.1093/ofid/ofaa648

COMMENTO : Background: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic control will require widespread access to accurate diagnostics. Salivary sampling circumvents swab supply chain bottlenecks, is amenable to self-collection, and is less likely to create an aerosol during collection compared with the nasopharyngeal swab. Methods: We compared real-time reverse-transcription polymerase chain reaction Abbott m2000 results from matched salivary oral fluid (gingival crevicular fluid collected in an Oracol device) and nasal-oropharyngeal (OP) self-collected specimens in viral transport media from a nonhospitalized, ambulatory cohort of coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients at multiple time points. Results: There were 171 matched specimen pairs. Compared with nasal-OP swabs, 41.6% of the oral fluid samples were positive. Adding spit to the oral fluid percent collection device increased the percent positive agreement from 37.2% (16 of 43) to 44.6% (29 of 65). The positive percent agreement was highest in the first 5 days after symptoms and decreased thereafter. All of the infectious nasal-OP samples (culture positive on VeroE6 TMPRSS2 cells) had a matched SARS-CoV-2 positive oral fluid sample. Conclusions: In this study of nonhospitalized SARS-CoV-2-infected persons, we demonstrate lower diagnostic sensitivity of self-collected oral fluid compared with nasal-OP specimens, a difference that was especially prominent more than 5 days from symptom onset. These data do not justify the routine use of oral fluid collection for diagnosis of SARS-CoV-2 despite the greaterease of collection. It also unde rscores the importance of considering the method of saliva specimen collection and the time from symptom onsete specially in outpatient populations.

Teo AKJ et al

Saliva is more sensitive than nasopharyngeal or nasal swabs for diagnosis of asymptomatic and mild COVID-19 infection

Scientific Reports, February 2021; https://doi.org/10.1038/s41598-021-82787-z

COMMENTO : We aimed to test the sensitivity of naso-oropharyngeal saliva and self-administered nasal (SN) swab compared to nasopharyngeal (NP) swab for COVID-19 testing in a large cohort of migrant workers in Singapore. We also tested the utility of next-generation sequencing (NGS) for diagnosis of COVID-19. Saliva, NP and SN swabs were collected from subjects who presented with acute respiratory infection, their asymptomatic roommates, and prior confirmed cases who were undergoing isolation at a community care facility in June 2020. All samples were tested using RT-PCR. SARS-CoV-2 amplicon-based NGS with phylogenetic analysis was done for 30 samples. We recruited 200 subjects, of which 91 and 46 were tested twice and thrice respectively. In total, 62.0%, 44.5%, and 37.7% of saliva, NP and SN samples were positive. Cycle threshold (Ct) values were lower during the earlier period of infection across all sample types. The percentage of test-positive saliva was higher than NP and SN swabs. We found a strong correlation between viral genome coverage by NGS and Ct values for SARS-CoV-2. Phylogenetic analyses revealed Clade O and lineage B.6 known to be circulating in Singapore. We found saliva to be a sensitive and viable sample for COVID-19 diagnosis.

Sepulcri C et al                                              

The longest persistence of viable SARS-CoV-2 with recurrence of viremia and relapsing symptomatic COVID-19 in an immunocompromised patient – a case study

MedRXiv, January 2021 ; doi.org/10.1101/2021.01.23.21249554

COMMENTO : Background Immunocompromised patients show prolonged shedding of SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs. We report a case of a prolonged persistence of viable SARS-CoV-2 associated with clinical relapses of COVID-19 in a lymphoma patient.

Methods Nasopharyngeal swabs and blood samples were tested for SARS-CoV-2 by Real time-PCR (RT-PCR). On five positive nasopharyngeal swabs, we performed viral culture and next generation sequencing. We analysed the patients’ adaptive and innate immunity to characterize T and NK cell subsets.

Findings SARS-CoV-2 RT-PCR on nasopharyngeal swabs samples remained positive with cycle threshold mean values of 22 ± 1·3 for over 8 months. All five performed viral cultures were positive and genomic analysis confirmed a persistent infection with the same strain. Viremia resulted positive in three out of four COVID-19 clinical relapses and cleared each time after remdesivir treatment. T and NK cells dynamic was different in aviremic and viremic samples and no SARS-CoV-2 specific antibodies were detected throughout the disease course.

Interpretation In our patient, SARS-CoV-2 persisted with proven infectivity for over eight months. Viremia was associated with COVID-19 relapses and remdesivir treatment was effective in viremia clearance and symptoms remission, although it was unable to clear the virus from the upper respiratory airways. During the viremic phase, we observed a low frequency of terminal effector CD8+ T lymphocytes in peripheral blood that are probably recruited in inflammatory tissue for viral eradication. In addition we found a high level of NK cells repertoire perturbation with a relevant involvement during SARS-CoV-2 viremia.

Ospedale Pediatrico Bambino Gesù

COMUNICATO STAMPA del 28 gennaio 2021

http://www.ospedalebambinogesu.it/documents/10179/1917840/Comunicato+Stampa+-+A+21+GIORNI+DALLA+PRIMA+DOSE%2C%20ANTICORPI+CONTRO+IL+COVID+PER+IL+99+PER+CENTO+DEI+SANITARI+VACCINATI/dea4c580-e04b-43be-91b3-0aed33df69f5?version=1.0

COMMENTO: A 21 giorni dalla somministrazione della prima dose del vaccino anti-SARS-CoV-2, il 99% dei vaccinati ha sviluppato anticorpi contro il virus. Sono i dati del primo monitoraggio realizzato tra gli operatori sanitari dell’Ospedale Pediatrico Bambino Gesù all’équipe della Medicina del Lavoro e della struttura complessa di Microbiologia, con il supporto dell’Immunologia clinica e il coordinamento della Direzione sanitaria.

Dacrema A et al

A simple lung ultrasound protocol for the screening of COVID-19 pneumonia in the emergency department

Internal and Emergency Medicine, January 2021; doi: 10.1007/s11739-020-02596-6

COMMENTO : The most relevant manifestation of coronavirus disease 2019 (COVID-19) is interstitial pneumonia. Several lung ultrasound (US) protocols for pneumonia diagnosis are used in clinical practice, but none has been proposed for COVID-19 patients' screening in the emergency department. We adopted a simplified 6-scan lung US protocol for COVID-19 pneumonia diagnosis (LUSCOP) and compared its sensitivity with high resolution computed tomography (HRCT) in patients suspected for COVID-19, presenting to one Emergency Department from February 21st to March 15th, 2020, during the outbreak burst in northern Italy. Patients were retrospectively enrolled if both LUSCOP protocol and HRCT were performed in the Emergency Department. The sensitivity of LUSCOP protocol and HRCT were compared. COVID-19 pneumonia's final diagnosis was based on real-time reverse-transcription polymerase chain reaction from nasal-pharyngeal swab and on clinical data. Out of 150 suspected COVID-19 patients, 131 were included in the study, and 130 had a final diagnosis of COVID-19 pneumonia. The most frequent lung ultrasonographic features were: bilateral B-pattern in 101 patients (77%), B-pattern with subpleural consolidations in 26 (19.8%) and lung consolidations in 2 (1.5%). LUSCOP Protocol was consistent with HRCT in correctly screening 130 out of the 131 COVID-19 pneumonia cases (99.2%). In one case COVID-19 pneumonia was excluded by both HRCT and lung US. LUSCOP protocol showed optimal sensitivity and can be proposed as a simple screening tool for COVID-19 pneumonia diagnosis in the context of outbreak burst areas where prompt isolation of suspected patients is crucial for patients' and operators' safety.

Fiorentini S et al

First detection of SARS-CoV-2 spike protein N501 mutation in Italy in August, 2020

The Lancet, January 2021; doi.org/10.1016/ S1473-3099(21)00007-4

COMMENTO: A new variant of SARS-CoV-2, known as VOC-202012/01, is spreading in the UK and is rapidly becoming a global threat. VOC-202012/01 is characterised by multiple mutations in the spike protein. Among them, N501Y is of major concern because it involves one of the six key amino acid residues determining a tight interaction of the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) with its cellular receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2).

On Nov 10, 2020, a 59-year-old man with a history of SARS-CoV-2 infection persistence presented for molecular testing. Infection was laboratory confirmed; therefore, genetic characterisation of viruses detected in the sample collected in November (MB61-Nov) and in a previous sample collected in August (MB61-Aug) was done by metagenomic sequencing.

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